La palabra Huaquechula proviene del náhuatl, cuyas raíces son "cuauhquechollan" ("cuautli", águila; "quecholli", plumaje rico; y "lan", locativo) o sea “junto a las hermosas y ricas plumas del águila”.

Huaquechula data del año 1110 de nuestra era, en que grupos indígenas Xicalancas y Teochichimecas se establecieron al norte de donde se encuentra hoy el pueblo. Hacia 1200, grupos nahuas efectuaran la segunda fundación, dos kilómetros al sur y la tercera y la definitiva fue tras haber sido sometida por los españoles a finales de septiembre de 1520.

De 1510 a 1521 fue considerada en la ruta de la conquista, otorgándola en encomienda a Jorge de Alvarado, en 1524.

En el siglo XVII pasa a formar parte de la Corona, perteneció al antiguo distrito de Atlixco hasta 1895 en que se erigió en municipio libre por decreto del supremo gobierno, nombrándose cabecera al pueblo de Huaquechula.

Cronología de hechos históricos.

1110 Primera fundación del poblado. 

1200 Segunda fundación. 

1520 Tercera y definitiva fundación. 

1520 Ruta de conquista, hasta 1521. 

1524 Encomienda. 

En el Siglo XVII, pasa a la Corona. 

1895 Erección del municipio libre, por decreto.